Un 26 de junio de 1541 en Lima, el conquistador Francisco Pizarro es asesinado por un hijo de Diego de Almagro

Francisco de Pizarro, nacido en la localidad de Trujillo (Extremadura), era un hijo bastardo de un hidalgo emparentado con Hernán Cortés de forma lejana, que combatió en su juventud junto a las tropas españolas de Gonzalo Fernández de Córdoba en Italia. Existe el acuerdo historiográfico de considerarle hijo ilegitimo de Gonzalo Pizarro Rodríguez, un destacado hombre del Gran Capitán, pero lo cierto es que incluso su año de nacimiento es motivo de controversia.

La azarosa vida que tuvo su recompensa cuando finalmente Pizarro zarpó desde la ciudad de Panamá con 180 soldados en 1532 a la conquista del Imperio Inca. Precedida por la viruela traída por los europeos en 1525, que había diezmado a la mitad de la población inca, la llegada de Francisco Pizarro a Perú fue el empujón final a un imperio que se tambaleaba a causa de las enfermedades, la hambruna y las luchas internas que enfrentaba a dos de sus líderes (Atahualpa y Huáscar) por el poder. 

La pregunta que ha causado fascinación en la comunidad de historiadores es: ¿Cómo fue posible que tan pocos pudieran vencer a tantos?. «En Cajamarca matamos 8.000 hombres en obra de dos horas y media, y tomamos mucho oro y mucha ropa», escribió un miembro vasco de la expedición en una carta destinada a su padre. La superioridad tecnológica y lo intrépido del plan de Pizarro, cuyas intenciones no habían sido previstas por Atahualpa al estimar a los españoles como un grupo minúsculo e inofensivo, obraron el milagro militar. El secuestro y muerte de Atahualpa, que no llegó a ser liberado pese a que los incas pagaron un monumental rescate en oro y tesoros por él como había exigido Pizarro, marcó el principio del fin del Imperio Inca.

Pero los conflictos internos entre los conquistadores, que cesaron momentáneamente con la victoria de Pizarro y sus hermanos en 1538 sobre su otrora aliado, Diego de Almagro, que fue decapitado y despojado de sus tierras. Pero en un nuevo giro de los acontecimientos, con el sangriento episodio de la muerte de Pizarro constan casi en detalle en los libros de historia, pero la leyenda ocultó los acontecimientos que se dieron después de ésta. Víctima del primer golpe de Estado de la América hispánica de entonces, Pizarro tuvo una muerte dramática. El 26 de junio de 1541, tras salir de misa, el fundador de Lima se dirigió a su palacio, actual residencia del presidente de la República. Después de comer, el palacio fue asaltado por los hombres de Almagro el Mozo, hijo de Diego de Almagro, a quien Pizarro había hecho ejecutar un año atrás.

Pizarro tenía 63 años al morir; su edad fue determinada a través de una técnica utilizada para establecer la antigüedad de los árboles. Según el patólogo y ex ministro de Salud de Perú Uriel García, la herida. fatal fue aquella que al destrozarle la mandíbula le cortó, probablemente, la yugular y la arteria carótida, dañándole también la espina dorsal, entre la cuarta y quinta vértebra, lo que le causó una parálisis antes de morir. Además de ésta, los atacantes le causaron otras 17 heridas.

Amigos de Pizarro, temiendo que los atacantes lo decapitaran para empalar su cabeza en la plaza, tal como él solía hacer, lo enterraron esa misma tarde tras la iglesia. El cuerpo de Pizarro fue exhumado el 21 de junio de 1544 y vuelto a enterrar con honores bajo el altar mayor de la iglesia. El cuerpo estuvo ahí 85 años. Luego cambió de lugar varias veces, de acuerdo a las necesidades de refacción y ampliación de la catedral. En 1661 hubo una nueva exhumación y su cabeza se depositó en una caja de plomo, mientras sus huesos se pusieron en un féretro. El documento que contenía esta información se descubrió en 1935, cuando ya reposaba otro Pizarro en la urna de la catedral.

Francisco Pizarro había manifestado en sus últimas voluntades el deseo de que su cuerpo repose en la catedral de la capital de Perú.